まず、月60時間超の時間外労働があると、特別条項の発動回数（１年について６回以内）に引っかかる可能性があります（法36条５項）。

　さて、ご質問の代替休暇ですが、平成22年４月施行の労基法改正により導入された制度です。仕組みをごくかんたんに書きますと、１カ月60時間を超える時間外労働の割増率が50％に上積みされたことに伴い、「その上積み部分の割増賃金の支払いに代えて」休暇を付与するものです（労基法37条３項）。

　代替休暇の取得の意向がある場合でも25％部分の支払いは免れません（平21・５・29基発0529001号）。時間外労働時間数からカットすることもできないということになります。なお、最終的に代替休暇を取得するかどうかを決めるのは労働者自身です（平21・10・５「改正労働基準法に係る質疑応答」）。